生物信息基础系列(三)编程语言及perl语言简介

前面我们提到，学习生物信息学，需要掌握生物统计学、一门编程语言、还有生物学，那这一节我们开始介绍编程语言，这里先介绍perl语言，对于生物学专业学习生物信息的小伙伴而言，perl语言无疑是一门可以快速入门的编程语言，而且很久以前，很多大佬的生物信息学程序也都是用perl进行编写的（目前生物信息从业者越来越多的使用Python，Python也是一门功能强大，容易入门的编程语言）。

所谓条条大路通罗马，不管是perl语言还是Python语言，都是一门生物信息数据处理工具。

认识perl语言之前，我们首先要简单认识一下，什么是编程语言？我的理解，编程语言就是人与机器间的桥梁，它可以让机器明白我们想要做什么。

编程语言又分为汇编语言、机器语言和高级语言，到目前为止，编程语言的发展经历了低级语言时代、高级语言时代和面向对象时代。

那么，perl语言是什么？perl是实用摘录与报表语言（Practical Extraction and Report Language）的缩写。perl语言可以说是为文本处理而生，perl处理的问题，约有90%与文本处理有关（出自小骆驼）。

perl语言有四大特点：1、容易使用，语法非常易读且“随意”；2、干啥都行，功能上和其他编程语言没有太大区别；3、速度快；4、有点“丑”，因为语法比较随意，对于写习惯C++的小伙伴而言，perl语言的确有点丑。

接下来，我们就要去安装perl和使用perl，perl有其自己的网站CPAN（http://search.cpan.org），在这个网站中可以下载到最新版本的perl，以及所有程序包。

开始编写perl程序之前，我们要先来认识一下perl语言的常用结构，如下：

好了，我们可以开始写我们的第一个perl程序，我们可以使用Notepad++软件（Windows系统下）编辑perl程序，也可以使用vi/vim命令（linux系统下）编辑perl程序：

重要的事情放在最后，写程序一定要有良好的编程习惯：

1、缩进，每个程序都应该按照要求进行缩进，让程序规范易读；

2、注释和代码文档，程序要有注释、有注释、有注释，重要的事情说三遍，注释是写给自己看的，debug的时候，不至于重头读程序；

3、先动脑，后动手，先想好程序设计，在动手实现；

4、写完程序后先测试，没有经过测试的程序，也许得到的结果是错的呢，而且它可能还不报错；

5、警告和错误输出，建议程序中加入警告代码和错误输出信息，方便debug；

6、变量命名，名字要有其意义，增加程序易读性。

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